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主题：【原创】新冠病毒起源小议 -- 澹泊敬诚
最近关于武汉新冠病毒的争论很多，其中之一就是该病毒是否由实验室有意改造出来的。很有意思的是，学术界大多认为新冠病毒是自然产生的，比如最近在《柳叶刀》(The Lancet)上一些科研工作者的联名声明
Statement in support of the scientists, public health professionals, and medical professionals of China combatting COVID-19
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30418-9/fulltext
同时各种病毒人造和背后阴谋的说法也层出不穷。我看来，这是个无趣也有趣的争论，无趣在于人造与否很难被证实：如果不是人造，如何证明天然的东西不是人造的；如果是人造的，这么重大的阴谋怎么会这么容易被识破。二者都难有确凿的证据，争论往往成为信者恒信，不信者恒不信的循环。而有趣的是，在这种争论中，双方各以什么样的“证据”来支持自己的观点。坦白地说，证明病毒人造需要提供全面且坚实的证据，而不仅仅是零星的质疑，所以要更难一些。
前两天，在预印本杂志 上发表了讨论新冠病毒起源的文章
The Proximal Origin of SARS-CoV-2 (http://virological.org/t/the-proximal-origin-of-sars-cov-2/398)
简要的内容摘录如下
1.SARS-CoV-2受体结合域的突变
冠状病毒S蛋白与ACE2受体结合的关键部分为受体结合域（RBD），RBD中的6个氨基酸残基决定了冠状病毒感染宿主的物种范围,新冠病毒的这六个氨基酸残基的前五个都与非典病毒不同，同时后五个氨基酸残基又和菊头蝠冠状病毒不同，这解释了新冠病毒与人类、非人灵长类、雪貂、猪、猫等ACE受体具有高亲和性，但对于其他ACE受体同源性低的物种感染性低，比如啮齿目和果子狸。
非典病毒 Y442, L472, N479, D480, T487, Y491
新冠病毒 L455, F486, Q493, S494, N501, Y505
但是，新冠病毒的突变在自然界有相似的例子。例如，新冠病毒S蛋白中第486位残基的苯丙氨酸（F486）突变，在实验室培养SARS-CoV的过程中也出现了，在另外几种蝙蝠冠状病毒中也发现同一位点的突变。可以说，这种突变是向着感染人ACE2方向进化而去的自然选择的结果。
并且，新冠病毒RBD与ACE2的亲和力虽高，但与之前基于ACE2受体蛋白的三级结构预测的最佳配体氨基酸序列差异显著。这表明这个序列至少不是基于已有的对于ACE2受体蛋白信息，或我们对于蛋白-配体作用的理解和算法得出的。也就是说，这个序列超出了我们现在的预测和设计能力，所以应该不是直接人造设计的。
2.SARS-CoV-2的多碱基切割位点插入
新冠病毒在刺突蛋白Ｓ1和S2亚基交界处插入了一个多碱基切割位点（RRAR），可能导致其附近还有三个残基发生糖基化（即被多糖修饰），这在其他beta-B系冠状病毒中从未出现过，其作用也尚未可知。类比于禽流感病毒中负责细胞融合和病毒入侵的血凝素蛋白（HA），其多碱基切割位点，能够促进病毒的快速复制和传播；RRAR越多，病毒致病性越高。
作者总结新冠病毒非人造起源的主要理由：如果新冠病毒是人造的，那么（1）新冠病毒中S蛋白与ACE2受体的方式与我们能够预测的优化模式不符; (2)在病毒基因组中没有找到基因改造的痕迹。
As noted above, the RBD of SARS-CoV-2 is optimized for human ACE2 receptor binding with an efficient binding solution different to that which would have been predicted. Further, if genetic manipulation had been performed, one would expect that one of the several reverse genetic systems available for betacoronaviruses would have been used.
土鳖抗铁牛
对手既然想设计一个病毒，而且不想让你发现，你现在说的，想的一切都应该在人家的考虑中。更不用说，对手在舆论，和科技论文发表方面有控制的优势。他们的"大牛"又多，完全可以为了他们国家或者个人的利益说假话。而中国和其它国家许多科学家都是人家培养出来的，对他们的老师有着本能的敬畏，人家放个屁都是香的。从历史上看，对手的学界这样的事也数不胜数。如北韦河友讲得哈佛大学权威收了钱，欺骗了整个世界大概50年，说吃糖无损健康，全世界50年来没有人敢发起挑战。对手的一群一群的医生，研究人员发表各种文章说吸烟无害，就是因为烟公司给钱。如果不是奥巴care, 吸烟无害论还是会继续继续的。
另外现在两国不想打仗，所以这个事，中国政府也不会挑明。再加上，中国能够在贸易战进行中，4个月內，连续两次遭受瘟疫威胁/攻击（肺鼠疫和新冠），这种几率是不是太高了?
所以你说什么，我都不会相信的，科学家是有国籍的，也是有个人利益的，他们要想糊弄他们的学生还是轻而易举的，更不论自己的国家政府还不想把事情挑明。看看世界上的各种报道，砖石公主号，为什么没有报道过种族感染比率，这完全可以解开人们怀疑这个攻击是针对亚裔，中国人的定向生物武器的阴谋论，可是就是没有媒体和政府报道，如果数据表明能够推翻这个阴谋论，他们，所有的政府都会第一时间发布的。那么可以肯定的说，感染人种比率一定不支持这个结论。
你现在所做的一切解释，就是和过去的几十年一样，用所谓的科学去误导民众。就和那个高福一样，"现在没有证据表明可以人传人"。这句话，我一点都不认为是错误的，在那个时间段，他是可以说这种话。他可能是没有发现，也可能故意装着没看见，从科学逻辑和法律逻辑上，他说的是绝对正确的。但是只是在那个时候。过后他完全可以改正。你现在就是试图用所谓的科学在给大众洗脑。 就像60,70年前告诉大众吃糖对人是没有健康损害一样。我见过太多国内类似你这样的没有政治警惕性的科学家了，这些人都以有个国外同行，尤其是米锅方面的，能够评价他们为荣，那是他们荣升的本钱。他们从普通院校的教授，到校长，院士，所长，没有例外，这就是中国的现状，是过去两百年来的中国传统。
有个太子党，要送孩子回去读书，因为他看不上这边的教育。我直接和他说，在可见的未来，中国一定是崇洋媚外的文化为主，你不管你儿子读书怎么样，你也不是让他搞学术，他有国外的教育背景一定会比有国内教育的背景在国内国外更吃香。这就是现状。说这儿事，就是要大家知道什么狗屁的科学和英文资料，还有国内外的专家，你都不要信，政治和国家利益在决定让你们信什么，而不是让你们信事实。看看石正丽的研究结果，她的逻辑链条都不完整，她就可以说SARS是蝙蝠传染的。现在那些狗屁院士，在没有任何科学证据的情况下，就说新冠是吃野生动物吃出来的，还要通过立法禁止吃野生动物，而政府和媒体就还信这个，这就是中国这么些年培养的狗屁院士，要我说他们就是一群政治跳梁小丑，他们在这个立法的行为上没有一点科学家的操守。这话我没好意思直接和他们说，我在这儿说出来，希望能够传到他们那儿。
即使是自然产生的，有没有人刻意提取，并传播至中国？以前美国日本搞的细菌战，细菌或病毒也不是实验室有意改造出来的，而是有意提取出来，并撒向中国或朝鲜的。
不赞同阴谋论的人的思维一般都是正向推理的模式，这也是大多数人下意识的正常反应，但是这种模式别人在发起攻击之前就会事先推理正常的人心会怎么反应（甚至还会预设警惕心比较强和逆向思维能力的人会怎么考虑），然后逆向设计攻击路径。这个逻辑在金融证券类投资里面庄家经常会用，正常思维模式的股民绝大多数都会掉到他们挖好的坑里去，亏了大钱却找不到真正的原因所在。
酶俄法等大国皆实施了撤侨也是让中国无法接触更多实例数据的防护措施，这样理解也很正常的逻辑。武汉死的那个美国人也是华裔，美国官方迄今没有提供丝毫实质性的帮助也很反常，我个人理解为无法获取扩散与伤害效应评估数据的恼怒。
可以考虑人类追踪SARS病毒的来源历史，参见石正丽2018的公开演讲。没有明确的证据是自然界病毒的基因突变或重组而来，也没有明确的证确是人工重组病毒基因而来，这两个方面都很难搞到直接的证明材料，是一笔葫芦案。一直有个想法，可不可以从基因自然变异或重组的理论概率计算上，大致算出蝙蝠样类SARS病毒重组成SARS病毒的概率，如果特别小，是不是可以反证SARS病毒是人工重组而来？同样的道理可以应用于S2019-nCOV上。
我因为不是学生物的，这几天自学也学得不甚了了，楼主是学生物的，可否从这方面做做文章？毕竟如果证明出来人工病毒的可能性大，疫情阻击的手段会更加全面，效率也更高。这种事情搞了两次了（SARS病毒是唯一在自然界没有找到的病毒），搞清源头，事关重大。
就是这回全世界几乎所有西方国家 ，都控制自己的国民因为病来歧视攻击华裔，这是从来没有的事，过去的政策是睁一只眼闭一只眼，现在几乎绝对禁止。我想是因为真的害怕亚裔知道结果后，全面爆发报复的行为。
国内方面，看河里几个人提出军队的人提出SARS是生物战，而上层竟然在十几年的时间里没有做出准备 ，军运会前期的演习根本就是过场。这种现象只能说
1.上层卧底不少，
2. 上层智商不够
3, 上层太多的利益在国外
4. 上层在过去的十几年一直希望以不抵抗政策，取悦他们的爸爸。
再看看国内对定向生物武器论的反应，1.有些应该是国外搅和起来的，2.有些应该是内部一些人反对的，3.还有一些不置可否。第一种是预料之中的，我看见的第一个这种消息是从 Dailey Mail, 第三种是现阶段的正确政治反应，一个稳重的政治家就应该这样。第二种才是我感兴趣的，这里面混杂着一些政治弱智（被洗脑），卧底，和利益太多在对手那里的人。这也是我们应该挖出来的人。
考虑到现在国内这种势态，加上现在有相当一部分反习势力，我十分不看好即将开始的战争。因为反习集团很可能不会相忍为国和卧底们联合起来出卖中国国家利益，使战争失败，促使习下台。所以现在是统一思想十分重要的阶段。不管如何现在开始战争，还是对台战争，我不是十分赞同的，太耗费国力了。最好的办法还是应该挑得烽烟四起，让对手去疲于奔命，耗费国力。我也知道对台战争一定会有内部权力争夺的原因，这一点是我觉得遗憾的地方。说句实话，我现在对上层谁都不信任，因为现在的一切都可以推论为权力的游戏，对外的战争很可能是游戏的借助。
最后，我才不会说，祝愿中国如何如何那种虚伪的话来获得大众好感的呐。而我发现许多河友都会被这些虚伪的话迷惑，不去想内容。另外还有更多的河友迷信河里的大牛，一个好文章比里面的内容更重要，即使里面的逻辑和事实都是错误的，还是可以获得许多花。08年后河里进来太多没有独立思考能力的人了。
- 待认可未通过。偏要看
还有国内外的专家，你都不要信，政治和国家利益在决定让你们信什么，而不是让你们信事实。
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这个就有点反智主义倾向了，完全相信专家这是一种极端，完全不信专家，这也是一种极端。另外，我不认为大部分的专家或者大部分从海外留学回来的专家都是百之百认同欧美人的，中国人经过百年革命之后，70、80以后的国人天生就反感不平等，他们那批人去海外不可能体会不到欧美人对中国人的歧视，这些年来这么多留学归国的人创办和加入了很多国内的高科技企业，为中国科技力量追赶世界先进水平贡献极大，现在不应该有强烈怀疑我们本国科技人才的思潮。
你的很多观点我都觉得有一定的道理，但是我感觉你因为一些经历对现行体制有一定的抵触和警惕，也许这就是你的某些观点稍显偏激的一个原因。
- 待认可未通过。偏要看
这句话在这里主要是就这次瘟疫的事情说事。但也有一部分范指。这是每一个理工科毕业的人应该具有的精神。只有持怀疑的态度，你才能发现新的东西，而不是人云亦云。
现实的政治也确是这样，中国古代的政治智慧不是说了吗，屁民可以骗，不可以让他们知道被骗，所以不要惊讶这事。现实的政治确实需要屁民对这个问题有一个不清晰认知，如果大家都认为这个病毒是定向的，你政府打还是不打? 不管那个选择都会给政府和中华民族带来危险。我所做的就是发动屁民，眼睛放亮一些，逮住一切可疑的人和事，让他们无所遁形。
相关新闻链接
https://www.guancha.cn/politics/2020_02_22_537837.shtml
据中国新闻网2月22日援引中国科学院西双版纳热带植物园官方网站消息，该园联合华南农业大学和北京脑科中心，收集了全球共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖四大洲12个国家的93个新冠病毒样本基因组数据(截至2月12日)，通过全基因组数据解析发现：武汉华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其它地方传入。
93个样本包含58种单倍型，演化关系显示，单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型，通过一个中间载体(mv1，可能是祖先单倍型，也可能是来自中间宿主或“零号病人”)与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联，并通过单倍型H3衍生出单倍型H1。
研究人员称，与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生单倍型H2，H8-H12，而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。可见，华南海鲜市场的新冠病毒是从其它地方传入，再在市场发生快速传播并蔓延。另根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断，也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。
此外，研究人员对H13和H38的病毒样品溯源发现，分别来自深圳的病患(广东首例)和美国华盛顿州的病患(美国首例)。他们的旅行记录表明都是2019年12月底至2020年1月初在武汉被感染。现有武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型。
"研究还表明，新冠病毒基因组没有发生重组事件。"
这里的问题是开始传染前没有重组?还是传染人以后没有重组? 我的理解应该是传染人后没有重组，也就是说病毒还没有变异。现在应该核实，吃了redesmervire 那些人体中，那个杀人丸忧虑的病毒变异是否会出现。
另外结合文中病毒在不同地区的不同亚种的出现，直接的结果就是说，不只一个传染源，进一步的说，就是有人放毒。否则无法解释不同亚种的病毒几乎同时在中国各地发生。
美国不但有武汉没有的古老单倍型H38，还有全部五个来源，连广东都只有三个。这简直就是在说美国是新冠病毒的起源地。
结合朝日新闻的说法，美国疾控中心自己都搞不清流感死亡的病例有没有，有多大比例是新冠……哼哼。