主题：【原创】打着科学的旗号（科普一下分子时钟） -- 红绿

我在说分子进化在定标人类进化史上的一个应用，具体说就是分子时钟。

我把题目起的太大了，但这里的人基本只对分子时钟感兴趣。

我为我前面的态度道歉。

但是你的主楼问题确实非常严重。如果我之前给你的主帖打30分。在明白你说的是分子钟假设而不是零假设之后（注意你仍然是说错了一个关键性的基本概念），那么这个帖打分仍然只能给50分。嗯，满分150。

具体地举一段话做例子吧。

这段话这是你帖中集中表述分子进化理论的一段。说实话我看不懂你在说什么，只能猜个大概。应该是这个意思吧：

分子进化的基本假设是分子水平的变异大多数是相对自然选择中性的，就是是说，是随机发生的。由此可以推测，分子序列在进化过程中积累突变的量是只与突变时间相关的。因而可以通过序列间的比较得到不同物种之间的遗传距离并构建进化树。如果化石证据能够给出进化树上某个分歧点的时间。那么在接受分子钟假设的前提下，就可以知道其他线系上的分歧时间。

需要说明，这不是教科书上的话。是我理解你的意思的基础上写出来的话。我只能写到这个地步。因而也不是严谨的分子进化中的概念。写下这个是希望能有助于理解你的原话和帮助我下面的评论。

好了一句句看你说的话：

分子进化的基本假设是什么你这里并没有说对。而且你后面的这句话的意思我还得猜：这个“它们”是什么东西？一个物种内的个体？那么他们是同源的怎么理解？个体怎么能说是“同源”的。难道你想说的是它们是能“随机交配的”或者“有共同祖先”的？或者它们指的是一个物种内的某个基因？这个基因是有同源基因的？我不知道。

基因突变的随机性看我前面的说法。这个假设才是分子进化的基础。

你不觉得这是个病句么？反正我看你的话时很是在“物种种群”和“时间变化”这两个词上纠结了一阵。然后才能猜你想说的是：那么通过研究基因序列在这个物种（内各个)种群里(随)时间(的)变化。

我相信一个分子进化的外行绝对会被这句话弄晕过去。这句话也足以让一个学分子生物学的家伙抓狂。是“突变发生时产生的分叉”？还是“突变发生时造成的分叉”？或者“因为有突变所以发生了分叉”？我努力想知道你说的是不是“突变可以构树，树上有分叉，分叉是突变决定的”？即使这么说，仍然是非常不严谨的，但至少是可以让人知道它不严谨。而不像你的原话那么不知所云。

然后我们把上面两个半句合起来

前边半个是病句，后面半句是两个突然出现的专业名词合在一起的不知所谓。你说你怎么用这么句话对不懂分子进化的外行科普？

这句通顺，不讲。（其实我很想挖苦一下，真难得。。。。）

应该是“给进化树上的分叉点标定分歧时间”吧？好比说“给布量长度”。你不能说成“通过布来量长度”。分叉不是用来标定时间的尺子。

好的科普应该是有助于外行看明白的。因而内行更会是很容易能看明白的。你写的这个东西肯定够不上这个标准。我前面的评价或者严厉了些，但是仅就帖中关于分子进化的内容来说我仍然认为是恰当的：相关内容更像是篇水平非常有待提高的学习笔记，而不是一篇能帮助行外人增加对这个学科了解的科普文章。

• 你真的看了我和楼主说的所有话了吗？

你猜的基本上就是我想说的意思。

而关于那个基本假设，我想表达的意思是，如果要用分子钟研究比如人的进化，有一个假设就是他们都是同源的。比如人的各个种都是从一个源头来的。

你的关于我写的语法分析，还真是对我要求高了，我这个东西一写而就，自己都没有复读一遍，就完了。并且，我不同意用很多专业术语来科普，尤其是达到我的目的。我用一堆专业词汇，必然引起不必要的疑惑，因为词汇或者说概念，如果不事先弄懂是无法读下去的。科普有时只能粗线条，而且是这样可能更有效果。当然这是我的看法。

我主要要表达的是关于分子时钟的假设和局限性，让大家能注意到这些，而不是一味的把它的结论都奉为真理。在那个意义上，我想你说的其实就是我的看法是对还是错。关于分子时钟本身技术方面的，本来就没打算多说，而且我不是研究这个的，实话说也没办法有很深的技术积累。

科普的效果是要让一个专业之外的人明白一个艰深的东西是什么意思。但是你的文字完全起不到这个作用。甚至还会误导不了解的读者。

我明白你的本意是说这个科学理论的局限性。但是如果你说的关于这个科学理论的内容说得没人能看明白，关于他的局限性说的也是错的，你怎样让人相信你说的结论：这个理论有局限性呢？

科普本就是很困难的。面向大众的并不比面向小众的文字更容易驾驭。或者是我进楼时的心理预期太高了些。这里我不再回了，真心希望您可以多了解一些分子生物学的东西，并在其中找到乐趣。

最后再补几句，您上面想表达的意思我理解了。你说的“同源”原来是指人类不同亚种是单起源的而不是多起源的。这个概念确实很深，弄混了也不奇怪。不过，用分子钟假设研究系统发育关系不需要假定这个类群是单起源。相反这可以是从进化树上得到的结论。除非这个树的方法和数据是错的。

你来去说了好多，我的几个错误你指出了，很好。

不过，从介绍分子时钟这个概念上，我并没有什么逻辑上或者思路上的错误。这本来就是一个概论，说白了，我也是二道贩子。你非要来一堆技术上的这个那个，我没有说的很清楚，也没有想要说那些。

而且很多时候，过于专业容易对一些词太过敏感，对于理解科普性文字的大概意思反而不能跟上，因为你上来就反感某些词的不恰当运用（就像我做的）。但其实只要不做研究，只是就了解这个学科最粗浅的思路，那就够了。

看过一些基因方面的文章，有的提到过，某些基因以中国北方为中心，离的越近分布比例越高（比如北方99%，南方95%，中亚60%，欧洲40% 类似），因为不懂，并没有敢引用。

如果我们先把非洲单点起源放下，把分子进化（名词不懂的说）的看作从东方扩展出去的，有没有可能那？比如尼安德特人和中国人，法国人基因有交集性。走出非洲说是一种解释，如果中国人，法国人，尼安德特人都是走出泥河湾，能不能解释那？

现代智人从几十万年前甚至160万年前开始从东方扩散出去，不断替代世界各地“旧人类”。但因为非洲特殊的地理环境和自然条件，非洲黑人和现代智人交集最少，也基本没有被替代，其进化路线也是陆地正进化最强的，最适应炎热，森林，草原等环境的。其陆地奔跑速度也是最快的。那么，这样来解释，在基因研究方面有没有讲通的可能？

如果尼安德特人，本来就是早期现代智人祖先分化出去的一支，发展几十万年后在大理冰河期，被更发达的晚期智人全面替代。那么我个人觉得，中国人，法国人，尼安德特人人基因交集以及和非洲人无交集的原因都能解释吧？

毕竟按现在主流走出非洲理论，5万年前才到中东，2,3万年前才扩散到亚洲，现代人和尼安德特人两种不同的人种，在几千年时间里就完成基因融合，整合定型再扩散，从进化上说，速度是不是太快了？

测量的时候可不管什么特征可以遗传，什么特征不可以遗传。问题是某些人把这些特征看做是稳定性极高的东西，其实根本不是这么回事。

中国的体质人类学在引进计算机分析之前，基本是屁股决定脑袋，先有结论后有推论过程。在从国外学习引进计算机分析后，很多结论和以前不一样。

科普的目的是让外行迅速看懂——这句话不知道仁兄说了几遍了，但是科普有一个重要原则就是——尽量不使用专业术语！因此好的科普文章，宁可使用“错误”的名词也不用业内术语来忽悠人。看了你和楼主的辩论，楼主的文字明显可以让普通人看懂，而你的呢，只会把人绕晕，连语法问题都提出来了，不客气的说，你这哪是科普，你这根本就是在说行业黑话！

本人也是学生物的，从你的自我标榜看，你对生物学本身的理解根本谈不上透彻，因为你只在可以和楼主打文字哑谜来回避核心问题，说懂行不是靠堆砌专有名词和打压别人来的，你的心术不正！

A、碱基对、基因（其实你的说辞很明显对这一名词理解有问题，自己去看），学过生物的哪怕只需要高中知识，一听“对”也就知道说的是什么了，混用的情况很普遍，这个根本不会拿来说事。

B、物种和种群，这也是高中生物的内容，你连续用高中的知识来质疑楼主的生物知识，我实在不明白你老纠缠这样的问题是什么意思？你真是学生物的吗？

C、分子进化学说是一门几句话就能说清的学说，楼主基本说全了，只不过，分子进化学说其实和非洲起源说毛关系都没有，甚至有中性学说是和进化论有很大冲突的。

D、学过生物的对《进化论》都心知肚明，这就好比当初我们必修的三个代表思想，谁真拿它当回事？进化论只能解释动物，和人类起源压根尿不到一个壶里，只不过，现阶段实在拿不出更好的学说，只好让进化论猴子称大王了。

E、生物学是生物学，人类起源是人类起源，请不要借生物学的名头来搞什么人类起源，后面那个现在怎么搞都是伪科学，生物学最大的作用是为了以后，而不是为了从前。基因工程的重要意义不是要证明我们是猴子变的，而是我们能重新把这世界的生物多样性给恢复回来！

http://www.ccthere.com/article/1146545

本不想再说的，意料之外的是看到有同样学过生物的朋友的意见，不得不回。

我觉得您并没有完整看过我和楼主的全部帖子。真看全了的话你不应该还会认为我在做科普也不应该纠结于我为什么会在物种和种群上挑刺。因为因为我说了我没有做科普的能耐，物种和种群那句话本来就是个病句。你说我“说行业黑话”。呵呵这个我笑纳。又不是做科普我不说行内的黑话说什么？后面我举了一段楼主的话详细说明我觉得哪里有什么样的问题。我觉得你没看至少是没看明白我在那里说的是什么。你看到的是楼主基本说全了，我看到的是楼主很多说错了。或者你觉得说错话无所谓吧毕竟没功劳有苦劳。我倒是觉得说错话的后果要更坏。

“自我标榜”不敢当，河里学生物出身成就斐然的人太多。我还没有那么自不量力。“和楼主打文字哑谜”，呵呵这个你说对了，你回我的那个帖我确实是在和楼主打哑谜。高中生物里讲到了人是二倍体的。但是人基因组里有多少个基因是到大学高年级学分子遗传学时讲C值悖论才解释到的。（或者现在的高中生物课本已经讲到人基因组有多少基因了，这个欢迎打脸）。所以，如果对高中生说一百万对基因他很可能不知道实际意思是一百万对碱基而会当成二倍体生物中的两百万个成对的等位基因。事实上兄弟我在高中学减数分裂时，成天头疼的就是一对基因是怎么联会然后又怎么分开的。所以我不相信

你的D和E我有些内容不同意。

进化论的作用是在自然内部来寻找生物产生和变化的原因而不去追求超自然的原因。至于是现代综合进化论或者间断平衡或者中性学说都是进化论的分支和发展，都是在自然内部去寻找生物变化的原因。所以说进化论只能解释动物解释不了人类起源的话显然是不对的。诚然在人类起源上很多问题还没有解决，同样的在其他动物的起源比如后生动物的大规模适应辐射这个问题上也存在很大的争议。但是说进化论和人类起源“尿不到一个壶里”、还“心知肚明”，我真的以为你要在这里宣传神创论了。

难道你的基因工程课是这么讲的吗？或者你的保护生物学课的老师是这么讲的？基因工程的意义在于给人类提供了定向改变遗传物质的能力从而人类可以用比自然进化快得多的速度虽按照自己的意愿改变生物的性状。生物多样性的恢复目前完全是依赖物种的自然恢复能力。基因工程的意义怎么可能重要在这个上？

都是新同志，相互鼓励吧，看你这也是老潜水员了，赶快写，早点转正吧！

写的好，花完才发现，你的声望出现了拐点，由无到有了，恭喜恭喜

你说的几条真的完全是我的感受。

空格指出了我几个用词上的不当，这个我必须承认。不过，在我看来我用的几个词，还有几处语法上可能会引起误解之外（在空格之前抱怨的人不多），自我感觉把分子进化论的一个应用说明白了，这就够了。

本来我等待的是空格对于我的逻辑上或者思路上的批评，但到最后，还是一些绕来绕去的概念纠缠。

等待愿意花时间说清楚的专业人士给写一个

把我想说的都说出来了，把我没想到的也写出来了！

水面有宝，欢迎冒泡