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主题:【原创】你凭什么让我们的祖宗东奔西走颠簸流离 -- 老顽童

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  • 家园 【原创】你凭什么让我们的祖宗东奔西走颠簸流离

    如今有个很有意思的花钱去处,你只要寄一百刀给美国的一个什么公司,并附上血样,他就可以给你一条你的祖宗迁徙线路图。如你老祖原先在那,后又到那,几千年前到高加索,过了多少年又来中国,一千几百年前又到了日本……

    凭什么?

    我知道是由基因DNA呀,什么变异的确定的,但我们外行人还是茫然,变异在什么位置?是突变还是周期性的?为什么?……?

    有请河内高手来释疑,最好不要做学术报告,就当给少年儿童科普。

    先谢了。

    又:《砂锅斋》开业了,有数个高阶位置等人来坐,欢迎申请。事先声明:来者一是要遵守河规。二是有责任,无报酬(若今后西河做大鸟,铁手发大财鸟,另当别论,我会替弟兄们讨公道滴)。

    河友们有空多来玩阿

    • 家园 我觉得有点危险,赔钱还要免费送上自己的DNA样本。
    • 家园 在CBS的60minutes里看到了

      介绍,好像就是上个礼拜天晚上(12月9号)的

      看这里

      技术的问题没怎么介绍,反正介绍了某也不懂

      不过好像查到不是血液,是用个什么东西漱口,然后把那个漱口水寄回去,还有个棉签左右在牙齿上弄弄什么的

      公司的背景(宗教背景?或者说政治背景?)很好玩。

      公司的老板是个evangelical,福音派信徒,呵呵美国目前即便不是最powerful的宗教团体,也差不离了

      他们这个技术研讨,仿佛是基于这样一种良好的愿望:通过基因技术,可以发现世界上任何两个人的亲缘关系。

      世界大同的生物学基础啊

      当时主持人还问了个问题,仿佛是是不是一个3K党党徒通过图谱最后会发现自己跟很多黑人是亲戚呢

      呵呵,生物学上肯定是没问题的。不过社会学意义上,某很怀疑一个发现自己跟黑人有亲戚关系的3K党徒会从此对黑人亲善起来

      当然这个技术还是很还玩的,很能安慰大伙。

      主持人是个印度裔,好像就没怎么回过印度。一测,哈哈,那就看到跟自己related的人们在哪里哪里,很有归属感。

      还访问了一个从小被人收养的中农白人男,他没有任何关于收养前的信息,连以前的名字都不知道。

      一查,他上中学的时候,隔壁班有个人跟他血缘上类似cousin。的确是心灵的安慰啊。

      呵呵,这个公司貌似超级有钱,正在蒙古国采样呢。

      呵呵,看在evangelical的份上,我家这几百美刀,是一定要自个留着的

      • 家园 有意思。想起软件上的相似性算法来了

        比如在WIKI里,就有一个功能,是比较前一次修改和现在版本差异的。具体的算法,我也没明白

        考虑一下,如果把所有染色体里的DNA的每个编码,A、T、C、G当作是文本,一个人的所有DNA序列就是一个巨大的文本,用一些超级计算机来比较两个人之间的序列相似性,应该也还可行,虽然速度会比较够呛一些。

        现在对基因的东西不熟悉了。我有个疑问,比如一条染色体当中的基因序列,它是不是总是在某一个位置,或者说是在某一个位置附近,还是可以在染色体的任意位置,只是靠某些特殊的标记来表明这段代码是某个基因?

        这个公司什么算法不知道。我想大概有两种可能,一种就是纯粹的看DNA序列,不去考虑基因组。另外一种可能,就是分析分类所有的基因组,变异的也好,不表达的也好,片段也好,最后得到一个总的数据库。假设,这个基因组数据库中总共有一百万个基因组。再假设甲有其中的40万个基因组,乙有其中的30万个基因组。比较甲乙之间基因组的重复程度,就可以判断两个人来源的相似性。

        不过,对这种技术,我是有些担心的。

        • 家园 在一个物种力,一般来说,一个基因有一个基因的固定位置

          叫做它的座位(locus),物理上就是在一个特定的染色体上的特定位置,是不会怎么大动的。(一个染色单体就像一个线性的存储器,除了结构相关的部分,就是线性的信息序列)。每个人有23对染色体,每对都是父亲给一条dna母亲给一条dna,精子和卵子形成的时候,来自父母双方的dna会并到一起,随机交换相应的位置。因为相同的基因一般在相同的座位上,所以原地一换,每条dna上就携带了来自父母的基因的不同组合,而这些组合又组成一整套必须的人类基因组。这是造成龙生九子,九子不同的主要原因。

          在一些物种里,也发现有少数的dna片段在整个基因组里到处跳,这叫转座子。不过在高等生物里,那个好像一般不看作正常的成分,而是当作病毒一类东西看待。研究遗传的时候,用的基因都是在比较稳定的位置上,而且不是可有可无,可多可少的那种。

          另外,好像您对基因组的理解不大对。一个基因组,genome,就是一个个体的整套基因的集合,没有人会有40万个基因组的,呵呵。比如说,酵母的基因组大概有6000个基因,人的我忘了,好像10万个基因左右。

          这些人做亲缘分析,一般也就取大家都有的一段必须基因,比如核糖体rna基因,或者什么代谢必须的酶的基因,或者什么都不编码,但是大家都有的片段,测个序列,一般都测上几千到几万碱基对(一个碱基对的信息量是2bit),然后跟来自别的个体的同一片段的序列对比,建立相似树,根据这个相似性来说您郡望何处。从这个公司100美元的收费看,估计也就给你做两三个测序反应(通常的技术,一个反应最多读1千碱基对),这个成本估计20块左右,然后给你比对序列的差异,也就是看这两三千个碱基对(2×bp bit的信息量)携带的差异。其实这么点信息量,又是光取样有限的几个小区域,未必能准。另取别的一段基因,也许结论就大不相同。反正您也没地方查去,图个乐呗。

          此外他们的模型可能是亲缘树,也就是假设人的祖先很少交叉,总是分叉,是一个树状结构。但是我们都知道,如果没有生殖隔离的话,人的亲缘关系肯定是网状的,不是树状的,因为人是有性生殖的,不是分裂生殖的。所以他们这个结果看看玩玩也就可以了,不能太当真。

          其实别说精确到人,就算精确到整个人类的系统发生,还很值得探讨呢,一会说人的祖宗是露西,一会又来什么非洲古人兵分两路。现在的主要问题是测一个人的基因组是要花很多钱很多时间的,短期内还不可能迅速的把一个人的整个基因组给测序,就算测几十分之一,几百分之一都搞不起,往往只能像上面说的那样,测很小的一段,所以每个样本的信息本身就是片面的。整个人类基因组计划,好像也就几十个人的样本吧。哪天能说揪出一个人来,立马就能把他哪条染色体的全序列拿出来,那样,人类的医学就该革命了。另一方面,世界上有60多亿人,就算每个人按现在的水平那样只测一小段,就测一下,要把每个地球人全测了也不可能。就算用抽样的办法,也还是搞不起,肯定有很严重的漏网现象。用这样的数据搞统计,就是用有限的墨水画大画,看到的现象是真的还是假的,在有更全面的统计结果前,谁也说不清。而现在的条件还就是这样,所以那些结论肯定会不断的被新结果修正的。

          • 家园 好文好文。才知道同一组染色体相互之间也可以交换基因

            以前还以为在同一组染色体中的两个染色体上的基因也就是显性,隐性的关系,才知道他们之间也是可以相互交换基因的。这么做,对进化机制的实现很是有利。这种交换是在受精的时候立刻就进行了么?还是在细胞分裂的时候进行的?

            • 家园 这个交换是在精子和卵子形成的过程里发生的

              精原细胞和卵原细胞都是2倍体,它们经过减数分裂变成单倍体的精子和卵子,减数分裂是由两次细胞分裂组成的,染色体配对,交换片断是在第一次分裂里发生。这时候精子和卵子还在还没见面哪。

              受精之后,精子卵子形成合子,然后由这一个合子开始,形成新的个体。除了开头的几次分裂(叫卵裂)之外,在高等生物胚胎发育的过程里的分裂叫做有丝分裂。在一个人的成长过程中,除了生殖细胞进行有丝分裂外,其它的细胞分裂都是有丝分裂。在有丝分裂里,虽然也存在类似于减数分裂里的dna片段交换,但是这种事件发生得非常稀少,所以一个动物的绝大部分体细胞基因型是差不多的。

              而动物的生殖细胞就不同了,首先,在形成精子和卵子的过程里,光是靠随机选取来自父母的染色体的组合,就有2的23次方(8M)种可能,再加上前面说的减数分裂里的基因交换,这个数字就没法算了,非常的大。所以人的生殖细胞,基因型很可能个个都不一样。

              假如没有这个dna片段的交换,染色体都原封不动的放进配子里,那么很明显,后代的多样性就直接受制于染色体的对数:人是23对,可以产生2^23=8M种配子,那狗有39对,就可以产生0.5T种配子,加上人家一窝生5,6个,那理论上狗比人进化的可是快多了。所以为了公平起见,一定要有这个交换!

        • 家园 同感

          孔子后裔要搞基因库,孔家分裂鸟,谁知祖宗那一代是抱养滴或是借种来滴。纯属孔麻子贴膏药

    • 家园 Which company?

      如今有个很有意思的花钱去处,你只要寄一百刀给美国的一个什么公司,并附上血样,他就可以给你一条你的祖宗迁徙线路图。

    • 家园 迁徙的问题

      橡树村:【原创】起源(三)智人(1)

      做个广告。

      • 家园 老兄写的好文 但问题未解

        我从七百万年的非洲人流览到雨后,写得真好,但走出非洲后基因是如何变化的?如何确定?还有我在上文提到的问题,老兄能否帮个忙。

        又:能到我这砂锅斋当个头领否,诚心诚意相邀。

        • 家园 那就需要专门写科普文章了

          河里面有人干这个的,看看他们愿不愿意写点。

          简单的讲呢,DNA复制的时候,总是会出点错误的。对于个体这个错误不是必然的,但是对于一个族群,在比较长的时间内,复制错误就是必然的了。

          这个错误就是变异。而这个变异还是可以继承的,有了这个变异的,其后代基本上也会带有这个特征,除非再在同一个位置上出现了另外的变异。

          有了变异特征的人群在进行迁徙,这些特征也就分布开来,于是呢,年头久远了,不同的人群就会出现有自己特征的DNA特征。跟踪这些特征的变化,利用统计学方法,就可以判定这个人群与其他人群的关系,进而判断出迁徙的可能途径。

          我河里面欠账太多(大约签了三四个大系列,够写一年的),怕照顾不到。老马丁那里我挂个位置还一点事情都没做呢。

          谢谢了,等我有时间的时候再看看。

      • 家园 del
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