主题：翻译一篇分子进化的文献 -- 空格

这篇文章2000年12月发表在Trends in ecology & evolution上。首页是496页。

我的理解，科技文章的翻译对信的要求比达和雅高很多。他的作用是帮助读者尽快了解某个领域的进展。以往的科技文章和书籍的翻译会对专业词汇有各种不同的译法。这方面，再准确的说法也不如原词。所以，有点英文水平的学者都会去读原文而不是看译文。但是，对于仅仅对这个学科有兴趣的人，或者刚入行的学生来说。这个要求太高了。所以，为了把分子进化的门坎拉低点。为了中国学者能把分子进化的模型像衬衫电视一样做成白菜价。为了中国再出几个皇家学会院士……我在翻译的时候有这么几点考虑。

遇到有专业词汇，我会用“｛｝”标出英文原词。以帮助理解。原文中的参考文献，用“［］”标出。如果有什么地方我要注明一下，我会用尖括号“<>”标出。

我会一段段的翻译然后贴出来。这两天双休日，可能会多贴一点。工作日可能会慢一些。我是新进入这个领域的，加上我自己的统计学底子很薄。所以有译得不对的地方，请大家多提宝贵意见。如果，恰好能有研究分子进化的同好。进来聊上两句。那我简直就可以看着您的回复下酒了。

子曰：有朋自远方来，不亦乐乎？

========= 我乃絮叨与正文的分界线是也 ==========

摘要：过去的若干年见证了强有力的统计手段在检测适应｛adaptive｝的分子进化方面的应用。这些方法比较蛋白编码{protein coding}基因的同义{synonymous}和非同义{non-synonymous}取代{substitution}速率，并将非同义速率高于同义速率的情况作为达尔文选择的证据。目前已经在从病毒到人的多种生命系统中鉴定出了大量分子适应的实例。虽然此前的分析因把速率对位点{sites}和时间求均值而缺乏说服力，较新的方法针对单个位点和线系{lineage}而设计，并已取得了成功。本文中我们总结了最近的检测分子适应的统计方法，并讨论其局限和未来可能的改进。

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“近来在酶分子上得到有说服力的选择造成的改变的例子非常困难，更不必说发现适应性改变的例子了。”［1］

虽然达尔文的关于自然选择的进化理论在表形{morphological}特征方面已经被广泛认为是成功的，但是自然选择在分子进化上的重要性长期以来一直存在争议。中性理论［2］认为多数可观测的分子变异，无论种内的多态性{polymorphism}还是种间的差异{divergence}，都是由选择上中性{neutral}的突变的随机固定{fixation}造成的。分子水平适应的比较可信的例子并不多见[3]。已经建立了几种针对真实数据的检测中性的方法，虽然它们能很充分地从大量基因中排除严格中性{strict neutrality}，但是并不能为达尔文正选择提供足够充分地证据。

关于适应性分子进化最可靠的例子来自对蛋白编码DNA序列上同义（沉默的:ds）和非同义(氨基酸改变的：dn)取代的速率的比较。这为自然选择的研究提供了很好的蛋白质分子的例子。表一列出了部分例子，参见Hughes［4］对其中很多研究的细节描述。这里我们总结了较新的增加对分子水平适应进化的检测能力的方法学上的进展。并且检查了他们的优缺点，这样他们能被用来检测更多类型的分子适应。

泡杯茶去。。。

烧水泡茶去。。。

采茶烧水泡茶去。。。

种茶树采茶烧水泡茶去。。。。

• 翻译一个用贝叶斯方法进行系统发育分析的软件的使用说明